Desta forma, entende-se que fezes são também materiais biológicos passíveis de permitir diversos diagnósticos quanto a doenças infecto-parasitárias.

A microbiota intestinal é formada majoritariamente por bactérias, embora fungos e vírus estejam presentes. A condição de homeostase da microbiota é denominada eubiose. A disbiose significa o desequilíbrio qualiquantitativo desses microrganismos. Clinicamente o paciente pode exibir diarreia acompanhada ou não de flatulências excessivas, empachamento, vômitos e variável grau de desconforto. Quase sempre será uma alteração secundária, ou seja, existem doenças de base que cursam para disbiose e por isso os animais que estejam em disbiose precisam receber uma triagem visando diagnóstico.  Exemplos de doenças primárias que culminam em disbiose intestinal, são:

• enterite crônica idiopática e muitas vezes imunomediadas (doença inflamatória intestinal);
• insuficiência pancreática exócrina;
• obesidade;
• diabetes;
• reações adversas alimentares (intolerâncias ou hipersensibilidades);
• hepatopatias;
• neoplasias;
• doença renal crônica, e outras.

Ainda se sabe que medicamentos podem alterar a microbiota de forma duradoura (antibióticos como Metronidazol) ou autolimitada (antiácidos como Omeprazol). A alimentação crua para cães também foi considerada inadequada neste sentido, isto é, indutora de disbiose.

No laboratório clínico é possível detectar alterações bioquímicas como aumento de folato (B-9) e redução de cobalamina (B-12) mas isto é inespecífico, não sendo patognomônico. A cultura fecal não é indicada. Embora a avaliação de metaboloma (metabólitos bacterianos) e a avaliação histológica específica que permite mensurar a microbiota de mucosa (técnica de F.I.S.H.) sejam exames complementares indicados para inferir disbiose intestinal, para a rotina clínica atual recomenda-se o exame fecal de biologia molecular (qPCR) chamado índice de disbiose fecal, sendo um exame relativamente novo, desenvolvido em laboratório norte-americano (Universidade do Texas) e capaz de detectar a presença e a expressão de alguns grupos bacterianos associados a eubiose (normalidade) e a disbiose (doença), mas nada disso informa a causa da disbiose nem se existe relevância clínica destes achados, ou seja, nada substitui o exame clínico (anamnese + exame físico) para o raciocínio clínico e tomada de decisão.

Microbiologicamente identifica-se pela biologia molecular com a técnica qPCR (índice de disbiose fecal e painel infeccioso fecal) a condição de disbiose intestinal quando notada redução de bactérias desejadas como Blautia spp., Clostridium hiranonis e Turicibacter spp. e maior expressão de bactérias indesejadas como Clostridium perfringens, Salmonella spp., E. coli e Streptococcus spp. e a relação (proporção) destes microrganismos na amostra fecal estudada resulta em um índice (escala numeral).

Diante deste entendimento de que o microbioma tem a ver com a saúde intestinal e com a saúde como um todo (interação da microbiota com outros órgãos e sistemas), recomenda-se evitar o emprego desnecessário de antibióticos, sobretudo em casos que não existam elementos sugestivos de risco séptico dos pacientes com diarreia, como febre, desvio a esquerda e disfunção hemodinâmica (hipotensão e choque). Quadros de diarreia devem receber inicialmente preocupação quanto a desidratação (correção hidroeletrolítica), além de analgesia em caso de dores e certamente melhorias de dieta (alimentos com mais digestibilidade, mais fibras e quando preciso com proteínas hidrolisadas). Isso além de prebióticos como FOS, MOS e GOS, probióticos e certamente triagem de eventual causa parasitária, investigação de corpos estranhos através de exame complementar de imagem, correlação de doenças sistêmicas que causam gastroenterite (doença renal crônica em cães e gatos, hipertiroidismo felino, hipoadrenocorticismo canino, pancreatite, toxicose, dentre outros diferenciais).

Os antibióticos podem conferir sobrecarga hepática ou renal, geram custos aos tutores e obviamente conferem seleção bacteriana e consequente resistência. Seu uso está diretamente associado a induzir disbiose em cães e gatos.

Como alternativa ao uso de antibióticos e ainda visando modulação da microbiota a favor da eubiose não da disbiose, existe a técnica complementar do transplante de fezes onde bactérias desejadas oriundas de fezes do doador adequadamente triado e selecionado por critérios clínicos rigorosos e laboratoriais (inclusive mediante índice de disbiose fecal acusando sua eubiose) serão introduzidas num receptor doente (paciente com disbiose).  A quantidade de fezes do doador saudável a ser dissolvida em soro fisiológica, posteriormente filtrada (peneirada) e empregada em sonda via retal deve ser estudada a cada caso, todavia existem recomendações estabelecidas. A literatura sugere que sejam realizadas no mínimo 3 sessões do transplante, mas o combinado sobre a repetição irá depender do histórico do doente e da resposta notada nos primeiros dias após o procedimento. Geralmente não envolve dor e será ambulatorial (quase todos os cães), mas em animais com muita sensibilidade dolorosa ou comportamentos arredios preconiza-se a sedação (como na maioria dos gatos, por exemplo). Na doença aguda é possível que o transplante seja protagonista para o cessar da diarreia. Nos quadros crônicos seu potencial pode ser adjuvante visando reduzir recaídas da diarreia ou facilitando a melhora do animal (junto de outros tratamentos).

Estudos brasileiros apontaram eficácia da técnica de transplante fecal via sondagem retal para redução de diarreia e menor necessidade de antibioticoterapia em filhotes com parvovirose canina. Mais tarde estudo clínico estrangeiro sugeriu efeito terapêutico (adjuvante) do TMF em cães com enterites crônicas e em relato de caso brasileiro em cão com colite granulomatosa também foi informado resultado com o procedimento. Outros estudos apontaram eficácia para doenças de pele na redução do prurido (dermatite atópica) a partir do transplante fecal via oral (cápsulas).

Por fim, vale salientar que o objetivo será evitar o emprego de antibióticos, sempre investigar causa de base para a disbiose como dito nos exemplos de variadas afecções anteriormente e traçar um adequado acompanhamento do paciente que muitas vezes irá precisar de uma alimentação específica e atendimento veterinário especializado em Gastroenterologia.

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